育苗期或秧田期
水稻幼苗容易受到低溫、病蟲害的影響，影響發芽率與幼苗素質，一般需要通過種子處理防治病蟲害及生理性病害。
水稻立枯病：田間癥狀主要表現為出苗后秧苗枯萎，容易拔斷，莖基部腐爛，有爛梨味，發病較重的整片死亡，病株基部多長有赤色霉狀物。在水稻2~3葉期易發生。
苗瘟病：水稻苗瘟發生于秧苗3葉期間，主要由種子帶菌引起，病株基部變黑褐色，上部呈黃褐色或淡紅色而枯死。
惡苗病：病谷粒播后常不發芽或不能出土。苗期發病病苗比健苗細高，葉片葉鞘細長，葉色淡黃，根系發育不良，部分病苗在移栽前死亡。旱育秧較水育秧發病重。
稻薊馬：體長l～1.3毫米，黑褐色，頭近似方形，有明顯趨嫩綠稻苗產卵習性，卵散產于葉脈間。秧苗期、分蘗期和幼穗分化期，是薊馬的嚴重為害期，尤其是晚稻秧田和本田初期受害更重。
防治措施：針對苗期病蟲害最有效最經濟的方式是通過種子處理進行防治，常用的成分有噻蟲嗪、咯菌腈、精甲霜靈、咪鮮胺、惡霉靈等成分。
幼苗期
幼苗期的水稻主要受雜草的危害，在水稻播種后第7~10天會有第一個出草高峰，雜草以稗草、鴨舌草為主，千金子的發生還會晚3天左右;第二出草高峰在播種后第20天左右，以闊葉雜草和莎草為主。
幼苗期的雜草防治，可以通過苗前封閉與苗后莖葉處理。
苗前封閉以30%丙草胺(加安全劑)100毫升處理，注意要在水稻催芽后播種，保證水稻有根系吸收安全劑。
苗后處理針對稗草，可以選擇25克/升五氟磺草胺、4%五氟磺草胺·吡嘧磺隆、二氯喹啉酸或者雙草醚或27.5%二氯.雙草醚，后兩者注意使用時期，要在幼苗較大后施藥，否則容易產生藥害。前兩者兼治部分闊葉雜草。
針對千金子：選擇10%氰氟草酯水乳劑或者乳油劑型防治，前者更環保。
黑條矮縮病：由南方水稻黑條矮縮病毒引起，其傳毒介體主要是白背飛虱。水稻發病后典型表現為植株矮縮、葉色深綠、葉背及莖稈出現條狀乳白色或蠟白色，后變深褐色小突起、高位分蘗及莖節部倒生氣須根、不抽穗或穗小，結實不良。劍葉或上部葉片可見凹凸的皺折，一蔸中有1根或幾根稻株比健株矮1/3左右，半全穗。
水稻感病期主要在分蘗前的苗期，秧苗期和本田初期，拔節以后不易感病。最易感病期為2～6葉期。水稻苗期、分蘗前期感染發病的基本絕收。
防治方法：主要通過防治白背飛虱控制病害發生。用25%噻嗪酮、50%吡蚜酮、80%烯啶·吡蚜酮等進行防治。直播田在播種后7~10天用藥。
分蘗期拔節期
紋枯病：又稱云紋病。苗期至穗期都可發病。葉鞘染病在近水面處產生暗綠色水浸狀邊緣模糊小斑，后漸擴大呈橢圓形或云紋形，中部呈灰綠或灰褐色，濕度低時中部呈淡黃或灰白色，中部組織破壞呈半透明狀，邊緣暗褐。發病嚴重時數個病斑融合形成大病斑，呈不規則狀云紋斑，常致葉片發黃枯死。
防治方法：可以選擇240克/升噻呋酰胺或者30%己唑醇，或井岡蠟芽桿菌。噻呋酰胺安全性高，速度快，持效期長。
二化螟：水稻分蘗期，第一代二化螟開始危害水稻。以幼蟲為害水稻，初孵幼蟲群集葉鞘內為害，造成枯鞘，3齡以后幼蟲蛀入稻株內為害，水稻分蘗期造成枯心苗。
防治方法：二化螟的防治注意結合農業防治技術與藥劑防治。早春提早灌水翻耕，在化蛹高峰至蛾始盛期，灌水淹沒稻樁3～5天，能淹死大部分老熟幼蟲和蛹，減少發生基數。當枯鞘叢數達到5%~8%時，可以采用藥劑防治，選擇內吸性強，持效期長的產品，并配合速效性好的產品，可以到達最佳防治效果。20%氯蟲苯甲酰胺建議用量10~15毫升/畝，或者10%阿維菌素·氟蟲雙酰胺，一般用2~3次，對于抗性強的地區需要組合殺蟲單，阿維菌素，阿維菌素·毒死蜱等使用。
大齡禾本科雜草與闊葉雜草和莎草：這時的大齡禾本科雜草主要是稗草和千金子，防治難度大，需要增大五氟磺草胺、氰氟草酯、噁唑酰草胺等產品的用量進行防治。對于大齡闊葉雜草和莎草，可以用滅草松進行防治，對于密度大，草齡大的情況，需要配合2甲4氯或者氯氟吡氧乙酸進行防治，但是要注意2甲4氯需要在水稻拔節之前使用，否則容易產生藥害。
孕穗抽穗期
稻飛虱：稻飛虱屬于遷飛性害蟲，危害水稻的主要有褐飛虱、白背飛虱和灰飛虱三種。危害較重的是褐飛虱和白背飛虱，早稻前期以白背飛虱為主，后期以褐飛虱為主;中晚稻以褐飛虱為主。
防治方法：80%烯啶蟲胺·吡蚜酮、50%吡蚜酮、48%毒死蜱、26%吡蟲啉·敵敵畏等產品皆可防治，其中80%烯啶·吡蚜酮殺蟲譜廣，可以防治三種飛虱，擊倒速度快，并且持效期長，對稻飛虱的防治效果更穩定。在稻飛虱大爆發的情況下，需要增加藥量增加用水量，或者組配一定量的毒死蜱或敵敵畏使用。
稻縱卷葉螟：稻縱卷葉螟是一種遷飛性害蟲，以幼蟲為害水稻，綴葉成縱苞，躲藏其中取食上表皮及葉肉，僅留白色下表皮。苗期受害影響水稻正常生長，甚至枯死;分蘗期至拔節期受害，分蘗減少，植株縮短，生育期推遲;孕穗后特別是抽穗到齊穗期劍葉被害，影響開花結實，空殼率提高，千粒重下降。
防治方法：5%阿維菌素、10%氯蟲苯甲酰胺、10%阿維菌素·氟蟲雙酰胺、33%甲維毒死蜱等。
二化螟：第二代二化螟開始發生危害，防治方法同分蘗拔節期。
稻瘟病：水稻揚花灌漿期，由于氣候條件適宜，水稻很容易發生稻瘟病中最嚴重的穗頸瘟，發生在水稻穗頸部位。穗頸瘟初期形成褐色小點，擴展后使穗頸部變褐，造成枯白穗。發病晚的造成秕谷，減產嚴重。分蘗期陰雨連綿形成高濕、低溫、寡照的環境，會降低水稻抗病性。抽穗期前后為連雨天氣，降雨日多，降雨次數多，形成高濕、低溫、寡照條件，有利病菌孢子萌發與侵入，低溫寡照條件使穗頸瘟、節瘟、谷粒瘟發生較重。同時施用氮肥過多、過晚，經常冷水灌、深水灌等，會降低水稻抗病力，均可加重病情。
防治方法：穗頸瘟的藥劑防治抓住關鍵生育期，破口5%和齊穗期兩次預防。可選用75%三環唑25克/畝、40%富士一號乳油100ml/畝，在破口5%時結合穗頸瘟的預防加5%井岡霉素預防稻曲病。
稻曲病：該病只發生于水稻穗部，為害部分谷粒。受害谷粒內形成菌絲塊漸膨大，內外穎裂開，露出淡黃色塊狀物，后包于內外穎兩側，呈黑綠色，初外包一層薄膜，后破裂，散生墨綠色粉末，有的兩側生黑色扁平菌核。稻曲病產生毒素，污染谷粒，嚴重降低稻谷的商品性。
防治方法：稻曲病以預防為主，最佳時機一是全田1/3以上莖稈最后一片葉子全部抽出，即俗稱“大打包”或者“大肚期”時用藥(約距出穗時間7~10天左右)，此時正是病菌的初侵染高峰期;二是破口始穗期，一般提前3~5天用藥。用86.2%氧化亞銅或者戊唑醇、井岡霉素，配合三環唑一起使用防治稻瘟病。
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